Les États bénéficiaires des Fonds européens désignent pour chaque programme une autorité de gestion responsable de l’efficacité, de la régularité et de la mise en œuvre des opérations financées par les fonds structurels. Cette autorité procède notamment à la sélection des opérations, à l’évaluation des opérations envisagées, elle présente le rapport annuel d’exécution à la Commission européenne et elle met en œuvre des mesures de contrôle interne. Elle préside également les Comités de programmation et de suivi du programme dont elle a la charge.

En France, pour les programmes financés par le Fonds européen de développement régional, les autorités de gestion sont les Préfets de région, à l’exception de l’Alsace, où c’est le Conseil régional. Cependant, dans un souci d’équilibre des pouvoirs et compte tenu des lois de décentralisation et des compétences leur revenant en matière de développement économique et de formation professionnelle notamment, les Conseils régionaux sont très étroitement associés à la gestion de ces programmes.

Pour les programmes financés par le Fonds social européen en métropole, l’autorité de gestion est le ministère chargé de l’emploi à travers la Délégation générale à l’emploi et la formation professionnelle. Cependant, le programme national FSE étant très largement déconcentré (85% des crédits sont gérés au niveau régional), les services déconcentrés de l’Etat en région en charge des politiques de l’emploi (les DIRECCTE, ex DRTEFP) sont un point d’entrée pour les porteurs de projets. Dans les départements d’outre-mer, qui ont chacun leur propre programme FSE, c’est le Préfet de région qui est autorité de gestion.

Pour le Fonds européen agricole pour le développement rural, l’autorité de gestion est le ministère de l’agriculture, de l’agroalimentaire et de la forêt pour l’hexagone, la collectivité territoriale de Corse pour la Corse et le Préfet de région pour les départements d’outre-mer.

Enfin, la direction des pêches maritimes et de l’aquaculture (rattachée au ministère de l’écologie, du développement durable et de l’énergie), est l’autorité de gestion du FEP. Cette autorité est déléguée au préfet de région sur l’ensemble des mesures de programme opérationnel (PO) pour la Corse et les DOM et sur un groupe de mesures ou sous-mesures en métropole. Certaines mesures, correspondant à des mesures similaires à celles du FEADER, doivent être mises en valeur en bonne intelligence avec l’agriculture, elles sont donc instruites par les mêmes services déconcentrés (les DRAF et/ou DDAF).