Les autorités de gestion et de contrôle doivent sélectionner les domaines de vérification sur la base d'un " échantillon approprié ". La méthode d'échantillonnage doit s'appuyer sur l'analyse des risques et prendre en compte la nature du porteur de projet, celle des activités financées par les fonds structurels européens et le montant des dépenses des projets. L'échantillon des opérations contrôlées devra être tel qu'il tienne compte : - de la nécessité de contrôler des opérations de nature et d'ampleur suffisamment variées, - des facteurs de risque identifiés par les contrôles nationaux ou communautaires, - de la concentration des opérations par certains organismes intermédiaires ou certains bénéficiaires finals, de sorte que les principaux organismes intermédiaires et les principaux bénéficiaires finals soient contrôlés une fois au moins avant la clôture de chaque intervention.

Ensemble de règles communes définies aux niveaux européen et national afin de garantir l’application uniforme des FESI dans les Etats membres. Les dépenses présentées par les porteurs de projet doivent être conformes aux règles d’éligibilité des dépenses. En France, le décret n°2016-279 du 8 mars 2016 et l'arrêté pris en application du décret fixent les règles nationales d’éligibilité des dépenses dans le cadre des programmes cofinancés par les fonds européens structurels et d’investissement (FEDER, FSE, FEADER, FEAMP) pour la période 2014-2020.

Sauf dérogations, les opérations soutenues par les FESI sont réalisées dans la zone géographique couverte par le programme (Article 70 du  règlement UE 1303/2013).